密　教

三井寺の教学は、特に顕教・密教・修験の三道融会ということを重視します。修行法もこれら三道にそってそれぞれの行法がありなかでも代表的なものは、智証大師流の密教を体得する四度加行と大峯山系を抖そうする奥駈修行が挙げられます。四度加行は、不動明王を本尊とする密教の行法で、十八道、護摩、胎蔵界、金剛界の四つをいい、これによって僧としての基礎が確立されます。晨朝、闇のなか山内諸堂を巡拝、三井の霊泉（閼伽水）を汲水し、道場において本尊にお供えして修法がおこなわれます。

修験道

大峯山駈修行は、役行者（役小角）を開祖とする修験道の修行で、智証大師が役行者の法觸を慕い、熊野から吉野へと至る約１８０キロの険しい山岳地帯の峯々で修行されたことに由来しています。この行は、峰入修行ともいわれ、山中に設けられた大峯七十五靡（なびき）と呼ばれる行場を巡り、山そのものを大日如来の曼荼羅と観じ、自己と一体化（即身成仏）することを眼目としています。

護摩修法。